Ancak ilerleyen aşamalarda, oyuncu Niko'nun gerçek kimliğini öğrenir ve bunun Michelle'ın da işine karşılık bir faaliyet olduğunu keşfeder. İlişki, daha karmaşık hale gelir ve Niko, Michelle'ın aslında bir hükümet ajanı olduğunu öğrenir. Michelle, asıl adının Karen olduğunu itiraf eder ve Niko'ya, onu takip etmesinin ve geçmişi hakkında bilgi edinmesinin görevi olduğunu açıklar.
Bu gelişme, Niko'yu oldukça rahatsız eder ve ikili arasında bir güvensizlik ortamı oluşur. Niko, şüphelerini dile getirir ve Michelle'ın gerçek niyetlerini sorgular. Bu arada, Niko'nun diğer ilişkileri ve maceraları da oyunun geri kalanında etkili olur.
Sonunda, Niko'nun intikam hikayesi ilerledikçe, ilişkileri kopar ve Michelle'ın gerçek amacı tam olarak ortaya çıkar. Oyuncu, Niko'nun intikamını almasında ve başka karakterlerle ilişkiler kurmasında Michelle'ın rolünü anlar. Bu aşamadan sonra Michelle, oyunun ana hikayesinde daha az önemli bir karakter haline gelir.
Tüm bu süreçte, oyun Niko Bellic'in hayatını, geçmişini ve yaşadığı sıkıntıları anlatırken, Niko ve Michelle arasındaki ilişki de bir yan öykü olarak ilerler. Bu ilişki, oyunun genel hikayesine etki eden karmaşık bir duygusal yolculuğu temsil eder.